Al in de Middeleeuwen werd het Nederlandse hondenras gebruikt als waakhond, boerderijhond of jachthond. In die tijd was het vooral gebruikt voor de jacht op otters.
Rond 1950 was het ras bijna uitgestorven totdat een Friese vrouw ze begon te fokken en zo het voortbestaan van het ras verzekerde. De meeste Wetterhouns bevinden zich in Nederland.
Feit: Het ras Wetterhoun is buiten Nederland nauwelijks bekend. Slechts in enkele andere Europese landen zijn er mensen met Wetterhouns.
In 1989 erkende de FCI de Wetterhoun officieel als hondenras. Hij behoort tot de groep van retrievers, speurhonden en waterhonden.