Đôi mắt xanh sáng của Husky rất bắt mắt. Chỉ có một số giống chó khác, chẳng hạn như Shepherd Úc và Collie, cũng có thể có mắt xanh. Đối với Siberian Huskies, các nhà nghiên cứu hiện đã xác định được màu sắc của chúng thường dẫn đến điều gì. Theo đó, có một mối quan hệ chặt chẽ với sự nhân đôi của một vùng cụ thể trên nhiễm sắc thể 18. Bộ gen của chó được phân bố trên tổng số 78 nhiễm sắc thể, 46 ở người và 38 ở mèo.
Một số biến thể gen, chẳng hạn như cái gọi là yếu tố merle gây ra mắt xanh ở một số giống chó nhất định, đã được biết đến, nhưng chúng không đóng vai trò gì trong Siberian Huskies. Một nhóm do Adam Boyko và Aaron Sams của Embark Thú y ở Boston, Massachusetts, nhà cung cấp các xét nghiệm ADN cho chó, dẫn đầu, hiện đã đưa hơn 6,000 con chó có màu mắt khác nhau vào phân tích bộ gen.
Các nhà nghiên cứu báo cáo trên tạp chí PLOS Genetics, vùng nhân đôi của nhiễm sắc thể gần với gen ALX4, gen này đóng một vai trò quan trọng trong sự phát triển của mắt ở động vật có vú. Tuy nhiên, không phải tất cả Huskies có biến thể di truyền đều có mắt xanh, vì vậy các yếu tố di truyền hoặc môi trường chưa được biết đến trước đây cũng phải đóng một vai trò nào đó. Thường thì một con vật có một mắt màu nâu và mắt còn lại màu xanh lam.