Дослідники вважають, що самоїдські лайки живуть поруч з людиною близько трьох тисяч років, причому в майже незмінному вигляді, так як середовище їх проживання обмежене, а змішування з іншими собаками було неможливим з об’єктивних причин.
Свою назву порода отримала від назви кочових племен північних районів Уралу і Сибіру, нині відомих як ненці. Ці народності жили окремо від навколишнього світу і були самодостатніми, «самоєдними» – звідси й назва.