Izvor samih šnavcerjev ni zanesljivo ugotovljen. Teorija Theophila Studerja o izvoru šnavcerjev, tako kot drugih psov, iz šotnega psa, katerega ostanki segajo v III-IV stoletje pred našim štetjem, je bila ovržena z genetskimi raziskavami. Očitno so najbližji predniki šnavcerja žičnodlaki psi južne Nemčije, ki so jih v srednjem veku prebivalci teh krajev hranili za varovanje svojih domov in boj proti glodalcem, tako kot so takrat v Angliji uporabljali terierje.
Prvi podatki o vzreji miniaturnih šnavcerjev v Nemčiji segajo v konec 19. stoletja. Njihovi predniki so varovali podeželske hleve pred podganami in drugimi paraziti. Za ustvarjanje miniaturne kopije takrat slavnega Mittelschnauzerja so križali več generacij majhnih predstavnikov pasme. Pri križanju z drugimi pasmami, kot so afenpinč, pudl, mali pinč, špic, so se barve pojavile kot stranski učinek, ki ni ustrezal končnemu cilju rejcev, za stabilizacijo genskega sklada pa so bili izključeni raznobarvni in beli mladički. iz vzrejnih programov. Prvi miniaturni šnavcer je bil registriran leta 1888, prva razstava je bila leta 1899.