Pekinezer je ena najstarejših pasem na svetu, kar potrjujejo genetske študije. Po mnenju znanstvenikov so ti psi stari vsaj 2000 let. Obstaja lepa kitajska legenda, zelo starodavna, verjetno nič manj starodavna kot sama pasma pekinezer.
In zveni takole: nekoč se je lev zaljubil v opico, vendar je lev ogromen, opica pa zelo majhna. Lev se ni mogel sprijazniti s tem stanjem in je začel prositi Budo, naj ga naredi majhnega – primernega za opico. Tako se je po legendi pojavil pekinezer, ki ima majhno velikost in levje srce.
V svoji zgodovini, vse do zadnjega cesarja Kitajske, je bil pekinezer izključno prerogativ cesarske družine. Nihče, niti najvišja aristokracija Kitajske, ni imel pravice imeti teh psov. V palači so živeli ločeno, v posebnih stanovanjih, bili so strogo varovani, poleg tega je bilo navadnim ljudem prepovedano celo gledati te pse.