Výskumníci sa domnievajú, že samojedské husky žijú vedľa ľudí asi tri tisícky rokov av takmer nezmenenej podobe, pretože ich biotop je obmedzený a zmiešanie s inými psami bolo z objektívnych dôvodov nemožné.
Plemeno dostalo svoj názov podľa mena kočovných kmeňov severných oblastí Uralu a Sibíri, dnes známych ako Nenets. Tieto národnosti žili oddelene od okolitého sveta a boli sebestačné, „sebazjednotené“ – odtiaľ názov.