O Perdiguero de Burgos foi criado como raça de cão apontador na Espanha durante séculos, mas sua origem original é desconhecida. Acredita-se que o Perdiguero de Burgos seja um cruzamento entre o Sabueso Español e o Pachon Iberico.
Em 1911 a raça foi incluída no registo racial espanhol. A partir de 1936, o Perdiguero de Burgos teve o mesmo destino que muitas outras raças de cães: a raça foi quase exterminada durante a Guerra Civil Espanhola e a Segunda Guerra Mundial. Somente em 1950 o Perdiguero de Burgos foi criado novamente.
Hoje, na Alemanha, porém, o Perdiguero de Burgos é bastante raro.