Perdiguero de Burgos har blitt avlet fram som en pekhundrase i Spania i århundrer, men dens opprinnelige opprinnelse er ukjent. Det antas at Perdiguero de Burgos er en krysning mellom Sabueso Español og Pachon Iberico.
I 1911 ble rasen inkludert i det spanske raseregisteret. Fra 1936 møtte Perdiguero de Burgos samme skjebne som mange andre hunderaser: rasen ble nesten utslettet under den spanske borgerkrigen og andre verdenskrig. Det var først i 1950 at Perdiguero de Burgos ble avlet opp igjen.
I dag i Tyskland er imidlertid Perdiguero de Burgos ganske sjelden.