Forskere tror at samojed-huskyer har levd ved siden av mennesker i omtrent tre tusen år, og i nesten uendret form, siden deres habitat er begrenset, og blanding med andre hunder var umulig av objektive grunner.
Rasen har fått navnet sitt fra navnet på de nomadiske stammene i de nordlige regionene i Ural og Sibir, nå kjent som Nenets. Disse nasjonalitetene levde atskilt fra omverdenen og var selvforsynt, "selvforent" - derav navnet.