De Perdiguero de Burgos wordt in Spanje al eeuwenlang gefokt als aanwijshond, maar de oorspronkelijke oorsprong is onbekend. Er wordt aangenomen dat de Perdiguero de Burgos een kruising is tussen de Sabueso Español en de Pachon Iberico.
In 1911 werd het ras opgenomen in het Spaanse rassenregister. Vanaf 1936 onderging de Perdiguero de Burgos hetzelfde lot als vele andere hondenrassen: het ras werd bijna uitgeroeid tijdens de Spaanse Burgeroorlog en de Tweede Wereldoorlog. Pas in 1950 werd er weer met de Perdiguero de Burgos gefokt.
Tegenwoordig is de Perdiguero de Burgos in Duitsland echter vrij zeldzaam.