Mata biru cerah Husky menarik perhatian. Hanya beberapa baka anjing lain, seperti Australian Shepherd dan Collie, juga boleh mempunyai mata biru. Bagi Siberian Huskies, penyelidik kini telah menentukan apa yang sering membawa kepada pewarnaan mereka. Menurut ini, terdapat hubungan rapat dengan pertindihan kawasan tertentu pada kromosom 18. Genom anjing diedarkan ke atas sejumlah 78 kromosom, 46 pada manusia dan 38 pada kucing.
Beberapa varian gen, seperti yang dipanggil faktor merle yang menyebabkan mata biru dalam baka anjing tertentu, telah diketahui, tetapi mereka tidak memainkan peranan dalam Siberian Huskies. Pasukan yang diketuai oleh Adam Boyko dan Aaron Sams dari Embark Veterinar di Boston, Massachusetts, pembekal ujian DNA anjing, kini memasukkan lebih daripada 6,000 anjing dengan warna mata yang berbeza dalam analisis genom.
Kawasan dua kali ganda kromosom adalah dekat dengan gen ALX4, yang memainkan peranan penting dalam perkembangan mata dalam mamalia, para penyelidik melaporkan dalam jurnal PLOS Genetics. Walau bagaimanapun, tidak semua Huskies dengan varian genetik mempunyai mata biru, jadi faktor genetik atau persekitaran lain yang tidak diketahui sebelum ini juga mesti memainkan peranan. Selalunya haiwan mempunyai satu mata coklat dan satu lagi biru.