हस्कीचे चमकदार निळे डोळे लक्षवेधी आहेत. ऑस्ट्रेलियन शेफर्ड आणि कॉली यासारख्या फक्त काही इतर कुत्र्यांच्या जातींनाही निळे डोळे असू शकतात. सायबेरियन हस्कीसाठी, संशोधकांनी आता निश्चित केले आहे की त्यांच्या रंगामुळे अनेकदा काय होते. यानुसार, गुणसूत्र 18 वर विशिष्ट प्रदेशाच्या डुप्लिकेशनशी जवळचा संबंध आहे. कुत्र्यांचा जीनोम एकूण 78 गुणसूत्रांमध्ये वितरीत केला जातो, 46 मानवांमध्ये आणि 38 मांजरींमध्ये.
कुत्र्यांच्या विशिष्ट जातींमध्ये निळे डोळे कारणीभूत असलेल्या तथाकथित मर्ले घटकासारखे अनेक जनुक प्रकार आधीच ज्ञात होते, परंतु ते सायबेरियन हस्कीमध्ये भूमिका बजावत नाहीत. कुत्र्यांच्या डीएनए चाचण्यांचे पुरवठादार, मॅसॅच्युसेट्समधील बोस्टन येथील एम्बार्क व्हेटर्नरीचे अॅडम बॉयको आणि अॅरॉन सॅम्स यांच्या नेतृत्वाखालील टीमने आता जीनोम विश्लेषणामध्ये डोळ्यांचे वेगवेगळे रंग असलेल्या 6,000 हून अधिक कुत्र्यांचा समावेश केला आहे.
क्रोमोसोमचा दुप्पट भाग ALX4 जनुकाच्या जवळ आहे, जो सस्तन प्राण्यांच्या डोळ्यांच्या विकासात महत्त्वाची भूमिका बजावतो, संशोधकांनी PLOS जेनेटिक्स जर्नलमध्ये अहवाल दिला आहे. तथापि, अनुवांशिक प्रकार असलेल्या सर्व हस्कीचे डोळे निळे नसतात, म्हणून इतर पूर्वी अज्ञात अनुवांशिक किंवा पर्यावरणीय घटक देखील भूमिका बजावतात. अनेकदा प्राण्याला एक तपकिरी डोळा आणि दुसरा निळा असतो.