Потеклото на самите шнауцери не е со сигурност утврдено. Теоријата на Теофил Студер за потеклото на шнауцерите, како и другите кучиња, од тресет, чии остатоци датираат од III-IV век пред нашата ера, е побиена со генетско истражување. Очигледно, најблиските предци на шнауцерот се жичаните кучиња од јужна Германија, кои во средниот век жителите на тие места ги чувале за да ги чуваат своите домови и да се борат со глодари, исто како што во тоа време се користеле териерите во Англија.
Првите информации за одгледувањето на минијатурни шнауцери во Германија датираат од крајот на 19 век. Нивните предци ги чувале руралните амбари од стаорци и други паразити. За да се создаде минијатурна копија на тогаш познатиот Mittelschnauzer, беа вкрстени неколку генерации на мали претставници на расата. При вкрстување со други раси, како што се Афенпиншер, Пудлица, Минијатурен Пиншер, Шпиц, боите се појавија како несакан ефект кој не одговараше на крајната цел на одгледувачите, а за стабилизирање на генскиот базен, беа исклучени повеќебојните и бели кученца. од програмите за размножување. Првиот минијатурен шнауцер е регистриран во 1888 година, првата изложба е одржана во 1899 година.