Pundurpinčers ir sena šķirne, kas Vācijā parādījās vismaz pirms 200 gadiem. Tā veidošanās notika, pirms ciltsgrāmatas kļuva modē, tāpēc daļa no stāsta ir diezgan neskaidra.
Tā ir viena no vecākajām un visizplatītākajām suņu šķirnēm pinčeru/terjeru grupā. Šīs grupas suņu izcelsme nav skaidra, taču tie ir kalpojuši vāciski runājošajām ciltīm simtiem, ja ne tūkstošiem gadu. Viņu galvenais uzdevums bija žurku un citu grauzēju iznīcināšana, lai gan daži bija sargsuņi un liellopu suņi.
Līdz šim pinčeri un šnauceri tika uzskatīti par vienu šķirni, taču ar nelielām atšķirībām. Lielākā daļa ekspertu vācu pinčerus sauc par šķirnes priekšteci, no kuras cēlušās visas pārējās variācijas, taču pārliecinošu pierādījumu tam nav. Senākie pierādījumi ir datēti ar 1790. gadu, kad Alberts Dīrers krāsoja suņus tieši tāpat kā mūsdienu vācu pinčerus.