Pašu šnauceru izcelsme nav ticami noteikta. Teofila Studera teorija par šnauceru, tāpat kā citu suņu izcelsmi no kūdras suņa, kura atliekas datētas ar III-IV gadsimtu pirms mūsu ēras, ir atspēkota ģenētiskajos pētījumos. Acīmredzot šnauceru tuvākie senči ir Dienvidvācijas stiepļspalvainie suņi, kurus viduslaikos turēja šo vietu iedzīvotāji, lai apsargātu savas mājas un cīnītos ar grauzējiem, tāpat kā tolaik Anglijā izmantoja terjerus.
Pirmās ziņas par miniatūro šnauceru audzēšanu Vācijā ir datētas ar 19. gadsimta beigām. Viņu senči sargāja lauku šķūņus no žurkām un citiem parazītiem. Lai izveidotu miniatūru tolaik slavenā Mitelšnaucera kopiju, tika krustotas vairākas mazo šķirnes pārstāvju paaudzes. Krustojot ar citām šķirnēm, piemēram, afenpinčeru, pūdeli, pundurpinčeru, špicu, krāsas parādījās kā blakusparādība, kas neatbilst selekcionāru galīgajam mērķim, un, lai stabilizētu genofondu, tika izslēgti daudzkrāsaini un balti kucēni. no audzēšanas programmām. Pirmais miniatūrais šnaucers reģistrēts 1888. gadā, pirmā izstāde notika 1899. gadā.