Samojedas yra viena iš seniausių veislių. Pavadinimas kilęs iš šiaurės tautų, kurioms priskiriamas pirmasis, spontaniškas samojedų šunų veisimas. Yra versija, kad jų protėvis buvo prijaukintas baltas vilkas, šiaurės tautų prisijaukintas daugiau nei prieš tris tūkstančius metų.
Taip pat yra juokinga teorija, kad „Samoed“ pavadinimas atsirado, kai šie šunys buvo naudojami rogutėms: jie buvo pririšti prie rogių, o judant snieguotose lygumose nesimatė visiškai baltų gyvūnų. Stebėtojui susidarė įspūdis, kad rogės „eina savaime“. Iš čia ir pavadinimas.
Samojedų šuo tapo universaliu žmogaus pagalbininku – tiek medžiotoju, tiek elnių sargybiniu, tiek aukle ir šildomuoju kilimėliu mažiems vaikams – stambaus ir pūkuoto gyvūno, šildo žmogų esant stipriai šalčiui.
Šiuolaikinis samojedas, žinoma, skiriasi nuo savo senovės giminaičių, šiuo metu yra daugybė samojedų šunų, kaip nepriklausomos veislės, kilmės versijų, ir dauguma šių teorijų teigia, kad britų tyrinėtojai XIX a. atsivežė keletą samojedų protėvių iš samojedų genčių buveinių.
Kaip atskira veislė, samojedų laika oficialiai buvo įregistruota XX amžiaus viduryje ir šiuo metu vis dar populiarėja pasaulyje.