העיניים הכחולות הבוהקות של האסקי מושכות את העין. רק לכמה גזעי כלבים אחרים, כמו הרועה האוסטרלי והקולי, יכולים להיות גם עיניים כחולות. לגבי האסקי סיבירי, חוקרים קבעו כעת למה הצבע שלהם מוביל לעתים קרובות. לפי זה, קיים קשר הדוק עם שכפול של אזור מסוים בכרומוזום 18. הגנום של כלבים מתחלק על סך של 78 כרומוזומים, 46 בבני אדם ו-38 בחתולים.
מספר וריאנטים של גנים, כמו מה שנקרא גורם מרל הגורם לעיניים כחולות בגזעי כלבים מסוימים, כבר היו ידועים, אך הם אינם ממלאים תפקיד בהאסקי סיבירי. צוות בראשות אדם בויקו ואהרון סמס מ- Embark Veterinary בבוסטון, מסצ'וסטס, ספקית של בדיקות DNA לכלבים, כלל כעת יותר מ-6,000 כלבים עם צבעי עיניים שונים בניתוח הגנום.
האזור הכפול של הכרומוזום קרוב לגן ALX4, הממלא תפקיד חשוב בהתפתחות העיניים ביונקים, כך מדווחים החוקרים בכתב העת PLOS Genetics. עם זאת, לא לכל האסקי עם הווריאציה הגנטית יש עיניים כחולות, כך שגם גורמים גנטיים או סביבתיים אחרים שלא היו ידועים עד כה חייבים לשחק תפקיד. לעתים קרובות לחיה יש עין חומה אחת והשנייה כחולה.