לפני מאות שנים, אומרים שהקיסר הסיני העניק את הכלבים האלה במתנה לקיסר היפני. הסנטר ללא ספק קשור לגזעים קצרי האף של סין. ביפן הוא זכה להערכה רבה כמו כלב ארמון פקין בסין, הוא יכול להישמר רק על ידי האצולה הגבוהה ביותר, חי בכלובי במבוק, נישא בשרוולים של קימונו משי, והאכיל אותו בתזונה צמחונית.
בשנת 1853 קיבל קומודור פרי זוג במתנה, אותו העניק למלכה חובבת הכלבים ויקטוריה. הזוג הגזע הראשון הגיע לגרמניה בשנת 1880 כמתנה מהקיסרית היפנית לקיסרית אוגוסט.
הסנטר המקורי היה גדול מכפי שאנו מכירים אותו היום ורק הפך קטן יותר באנגליה, ככל הנראה כתוצאה מחציית קינג צ'ארלס ספנייל. סנטרים יפניים הם בני בית שמחים, בעלי ראש פתוח, מסתגלים ושובבים עד גיל מבוגר, והם אוהבים טיולים ארוכים.