Podrijetlo samih šnaucera nije pouzdano utvrđeno. Teorija Theophila Studera o podrijetlu šnaucera, kao i drugih pasa, od tresetnog psa, čiji ostaci datiraju iz III-IV stoljeća prije Krista, opovrgnuta je genetskim istraživanjem. Očigledno, najbliži preci šnaucera su oštrodlaki psi južne Njemačke, koje su u srednjem vijeku stanovnici tih mjesta držali da čuvaju svoje domove i bore se s glodavcima, baš kao što su se terijeri koristili u Engleskoj u to vrijeme.
Prve informacije o uzgoju minijaturnih šnaucera u Njemačkoj datiraju s kraja 19. stoljeća. Njihovi su preci čuvali seoske staje od štakora i drugih nametnika. Da bi se stvorila minijaturna kopija tada poznatog Mittelschnauzera, križano je nekoliko generacija malih predstavnika pasmine. Kod križanja s drugim pasminama, kao što su affenpinč, pudl, patuljasti pinč, špic, boje su se pojavile kao nuspojava koja nije odgovarala krajnjem cilju uzgajivača, a radi stabilizacije genskog fonda isključeni su raznobojni i bijeli štenci. iz uzgojnih programa. Prvi patuljasti šnaucer registriran je 1888. godine, prva izložba održana je 1899. godine.