Pekinezer je jedna od najstarijih pasmina na svijetu, što potvrđuju genetske studije. Prema znanstvenicima, ti su psi stari najmanje 2000 godina. Postoji lijepa kineska legenda, vrlo drevna, vjerojatno ne manje drevna od same pasmine pekinezera.
A zvuči ovako: jednom se lav zaljubio u majmuna, ali lav je ogroman, a majmun je vrlo malen. Lav se nije mogao pomiriti s takvim stanjem stvari i počeo je moliti Budu da ga učini malim - veličine majmuna. Tako se, prema legendi, pojavio pekinezer, koji ima malenu veličinu i lavlje srce.
Pekinezeri su kroz svoju povijest, sve do posljednjeg kineskog cara, bili isključivo vlasništvo carske obitelji. Nitko, čak ni najviša aristokracija Kine, nije imala pravo imati ove pse. U palači su živjeli odvojeno, u posebnim stanovima, bili su strogo čuvani, štoviše, pučanima je bilo zabranjeno čak i gledati ove pse.