हस्की की चमकदार नीली आंखें आकर्षक हैं। केवल कुछ अन्य कुत्तों की नस्लों, जैसे कि ऑस्ट्रेलियाई शेफर्ड और कोली की भी नीली आँखें हो सकती हैं। साइबेरियाई हुस्की के लिए, शोधकर्ताओं ने अब यह निर्धारित किया है कि उनका रंग अक्सर किस ओर जाता है। इसके अनुसार, गुणसूत्र 18 पर एक विशिष्ट क्षेत्र के दोहराव के साथ घनिष्ठ संबंध है। कुत्तों के जीनोम को कुल 78 गुणसूत्रों में वितरित किया जाता है, मनुष्यों में 46 और बिल्लियों में 38।
कई जीन प्रकार, जैसे तथाकथित मर्ल कारक जो कुछ कुत्तों की नस्लों में नीली आंखों का कारण बनता है, पहले से ही ज्ञात थे, लेकिन वे साइबेरियाई हुस्की में भूमिका नहीं निभाते हैं। बोस्टन, मैसाचुसेट्स में एडम बॉयको और एम्बार्क पशु चिकित्सा के हारून सैम्स के नेतृत्व में एक टीम, कुत्ते डीएनए परीक्षणों के आपूर्तिकर्ता, अब जीनोम विश्लेषण में विभिन्न आंखों के रंगों वाले 6,000 से अधिक कुत्तों को शामिल किया गया है।
शोधकर्ताओं ने पीएलओएस जेनेटिक्स पत्रिका में रिपोर्ट की, गुणसूत्र का दोगुना क्षेत्र एएलएक्स 4 जीन के करीब है, जो स्तनधारियों में आंखों के विकास में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। हालांकि, आनुवंशिक संस्करण वाले सभी हकीस की आंखें नीली नहीं होती हैं, इसलिए अन्य पूर्व अज्ञात आनुवंशिक या पर्यावरणीय कारकों को भी एक भूमिका निभानी चाहिए। अक्सर एक जानवर की एक भूरी आंख और दूसरी नीली होती है।