Le Perdiguero de Burgos est élevé comme race de chien d'arrêt en Espagne depuis des siècles, mais son origine originale est inconnue. On pense que le Perdiguero de Burgos est un croisement entre le Sabueso Español et le Pachon Iberico.
En 1911, la race fut inscrite au registre espagnol des races. À partir de 1936, le Perdiguero de Burgos connut le même sort que de nombreuses autres races de chiens : la race fut presque anéantie pendant la guerre civile espagnole et la Seconde Guerre mondiale. Ce n'est qu'en 1950 que le Perdiguero de Burgos fut à nouveau élevé.
Mais aujourd'hui en Allemagne, le Perdiguero de Burgos est plutôt rare.