Perdiguero de Burgosia on jalostettu osoittimena Espanjassa vuosisatojen ajan, mutta sen alkuperäistä alkuperää ei tunneta. Perdiguero de Burgosin uskotaan olevan Sabueso Españolin ja Pachon Ibericon risteymä.
Vuonna 1911 rotu kirjattiin Espanjan roturekisteriin. Vuodesta 1936 lähtien Perdiguero de Burgos kohtasi saman kohtalon kuin monet muut koirarodut: rotu lähes hävitettiin Espanjan sisällissodan ja toisen maailmansodan aikana. Perdiguero de Burgos kasvatettiin uudelleen vasta vuonna 1950.
Nykyään Saksassa Perdiguero de Burgos on kuitenkin melko harvinainen.