Tämä pirteä ja iloinen rotu kasvatettiin ensimmäisen kerran Saksassa 19-luvun lopulla risteyttämällä affenpinseri ja standardisnautseri. Se on snautseriryhmän suosituin rotu ja ainoa Brittisaarten ulkopuolella kasvatettu terrieri.
Saksasta käännetty sana "snautseri" tarkoittaa "partaa". Alun perin kääpiösnautserit kasvatettiin rottien pyydystämiseen maatiloilla, mutta nykyään niiden päätavoitteena on tukea ja ilahduttaa ihmisiä, joilla on niin iloinen koira.
Vuonna 1993 American Kennel Club tunnusti kääpiösnautserin erilliseksi roduksi standardisnautserista. Ne olivat aikoinaan kolmanneksi suosituin rotu Amerikassa ja ovat edelleen suosikkeja.