Afganistanikoira vaatii erityistä hoitoa useista syistä. Afgaaneja on erittäin vaikea kouluttaa, koska he ovat itsepäisiä. He ovat erittäin herkkiä äkillisille korjauksille, jotka usein johtavat noudattamatta jättämiseen. He reagoivat parhaiten pehmeään johtajuuteen ja kovaan kuriin. Säännöllinen hoito on avainasemassa afganistanilaisen turkin ylläpitämisessä. Afgaanit tarvitsevat viikoittaisen kylvyn ja harjauksen kuolleiden karvojen poistamiseksi ja sotkeutumisen estämiseksi, joita heillä on tapana kokea.
Vaikka afgaanit voivat tehdä hyviä talokoiria ja todellisia pätkiä, he tarvitsevat paljon harjoituksia torjuakseen tylsyyttä ja tuhoisaa käyttäytymistä, kuten pureskelua. Afgaanien tulisi kävellä vähintään kilometri tai kaksi päivässä, ja aidattu juoksupiha on välttämätön.