Tutkijat uskovat, että samojedihuskyt ovat eläneet ihmisten vieressä noin kolme tuhatta vuotta ja lähes muuttumattomassa muodossa, koska niiden elinympäristö on rajallinen ja sekoittuminen muihin koiriin oli objektiivisista syistä mahdotonta.
Rotu sai nimensä Uralin ja Siperian pohjoisten alueiden paimentolaisheimojen, nykyään nenetsien nimistä. Nämä kansallisuudet elivät erillään ympäröivästä maailmasta ja olivat omavaraisia, "itseyhtyneitä" – tästä nimi.