چشمان آبی روشن هاسکی چشم نواز است. فقط تعداد کمی از نژادهای سگ دیگر مانند چوپان استرالیایی و کولی نیز می توانند چشم آبی داشته باشند. در مورد هاسکی های سیبری، محققان اکنون مشخص کرده اند که رنگ آنها اغلب منجر به چه چیزی می شود. بر این اساس، ارتباط نزدیکی با تکثیر یک ناحیه خاص در کروموزوم 18 وجود دارد. ژنوم سگ ها در مجموع در 78 کروموزوم، 46 در انسان و 38 در گربه توزیع شده است.
چندین گونه ژن مانند فاکتور مرل که باعث آبی شدن چشم در برخی از نژادهای سگ می شود، قبلاً شناخته شده بود، اما در سگ هاسکی سیبری نقشی ندارند. تیمی به سرپرستی آدام بویکو و آرون سامز از دامپزشکی امبارک در بوستون، ماساچوست، تامین کننده آزمایشهای DNA سگ، اکنون بیش از 6,000 سگ با رنگ چشمهای مختلف را در آنالیز ژنوم شامل میشوند.
محققان در مجله PLOS Genetics گزارش دادند که ناحیه دو برابر شده کروموزوم نزدیک به ژن ALX4 است که نقش مهمی در رشد چشم در پستانداران دارد. با این حال، همه هاسکیهای دارای نوع ژنتیکی چشمهای آبی ندارند، بنابراین سایر عوامل ژنتیکی یا محیطی که قبلاً ناشناخته بودند نیز باید نقش داشته باشند. اغلب یک حیوان یک چشم قهوه ای و دیگری آبی دارد.