Τα λαμπερά μπλε μάτια του Χάσκι τραβούν τα βλέμματα. Μόνο μερικές άλλες ράτσες σκύλων, όπως το Australian Shepherd και το Collie, μπορούν επίσης να έχουν μπλε μάτια. Όσο για τα Siberian Huskies, οι ερευνητές έχουν πλέον καθορίσει σε τι οδηγεί συχνά ο χρωματισμός τους. Σύμφωνα με αυτό, υπάρχει στενή σχέση με τον διπλασιασμό μιας συγκεκριμένης περιοχής στο χρωμόσωμα 18. Το γονιδίωμα των σκύλων κατανέμεται σε συνολικά 78 χρωμοσώματα, 46 στον άνθρωπο και 38 στις γάτες.
Αρκετές παραλλαγές γονιδίων, όπως ο λεγόμενος παράγοντας merle που προκαλεί τα μπλε μάτια σε ορισμένες ράτσες σκύλων, ήταν ήδη γνωστές, αλλά δεν παίζουν κάποιο ρόλο στα Siberian Huskies. Μια ομάδα με επικεφαλής τον Adam Boyko και τον Aaron Sams της Embark Veterinary στη Βοστώνη της Μασαχουσέτης, προμηθευτή δοκιμών DNA σκύλων, συμπεριέλαβε τώρα περισσότερα από 6,000 σκυλιά με διαφορετικά χρώματα ματιών στην ανάλυση γονιδιώματος.
Η διπλασιασμένη περιοχή του χρωμοσώματος είναι κοντά στο γονίδιο ALX4, το οποίο παίζει σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη των ματιών στα θηλαστικά, αναφέρουν οι ερευνητές στο περιοδικό PLOS Genetics. Ωστόσο, δεν έχουν όλα τα Huskies με τη γενετική παραλλαγή μπλε μάτια, επομένως άλλοι άγνωστοι γενετικοί ή περιβαλλοντικοί παράγοντες πρέπει επίσης να παίζουν ρόλο. Συχνά ένα ζώο έχει το ένα καφέ μάτι και το άλλο μπλε.