Perdiguero de Burgos er blevet avlet som en spidshunderace i Spanien i århundreder, men dens oprindelige oprindelse er ukendt. Det menes, at Perdiguero de Burgos er en krydsning mellem Sabueso Español og Pachon Iberico.
I 1911 blev racen optaget i det spanske raceregister. Fra 1936 mødte Perdiguero de Burgos samme skæbne som mange andre hunderacer: Racen blev næsten udslettet under den spanske borgerkrig og anden verdenskrig. Det var først i 1950, at Perdiguero de Burgos blev avlet igen.
I dag i Tyskland er Perdiguero de Burgos dog ret sjælden.