Schæferhundens halvlange, dobbelte pels, der oprindeligt er opdrættet til besætninger i barske klimaer, passer perfekt til jobbet, beskytter hunden mod regn og sne og er modstandsdygtig over for både grater og snavs.
#1 Schæferhyrdens pelstyper er lige så varierende som dens farve; nogle schæferhunde er langhårede. Den ideelle schæferhund har dog en halvlang, dobbelt pels. Den ydre pels er tæt med glat hår, der ligger tæt til kroppen og nogle gange er bølget og trådet.
#2 Pelsen kommer i en række forskellige farver og mønstre, herunder sort; sort og creme; Sort og rød; sort og sølv; sort og tan; Blå; Grå; Chokolade; Sobel og hvid.
Den amerikanske kennelklub anerkender dog ikke farven hvid for denne race, og den tillader heller ikke schæferhunde at konkurrere i hundeudstillinger, selvom de er tilladt i andre konkurrencer.