Vědci se domnívají, že samojedští huskyové žijí vedle lidí asi tři tisíce let a v téměř nezměněné podobě, protože jejich stanoviště je omezené a smíchání s jinými psy bylo z objektivních důvodů nemožné.
Plemeno dostalo svůj název podle jména kočovných kmenů severních oblastí Uralu a Sibiře, nyní známých jako Něnci. Tyto národnosti žily odděleně od okolního světa a byly soběstačné, „sebejednotné“ – odtud název.