El Perdiguero de Burgos ha estat criat com a raça de gos apuntador a Espanya des de fa segles, però es desconeix el seu origen original. Es creu que el Perdiguero de Burgos és un encreuament entre el Sabueso Español i el Pachon Iberico.
L'any 1911 la raça va ser inclosa al registre espanyol de races. A partir de 1936, el Perdiguero de Burgos va patir la mateixa sort que moltes altres races de gossos: la raça gairebé va ser exterminada durant la Guerra Civil Espanyola i la Segona Guerra Mundial. No va ser fins l'any 1950 que es va tornar a criar el Perdiguero de Burgos.
Avui a Alemanya, però, el Perdiguero de Burgos és força rar.