Porijeklo samih šnaucera nije pouzdano utvrđeno. Teorija Theofila Studera o porijeklu šnaucera, kao i drugih pasa, od tresetnog psa, čiji ostaci datiraju iz III-IV stoljeća prije nove ere, opovrgnuta je genetskim istraživanjima. Očigledno, najbliži preci šnaucera su žičanodlaki psi južne Njemačke, koje su u srednjem vijeku stanovnici tih mjesta držali da čuvaju svoje domove i da se bore protiv glodara, baš kao što su se u Engleskoj u to vrijeme koristili terijeri.
Prvi podaci o uzgoju minijaturnih šnaucera u Njemačkoj datiraju s kraja 19. stoljeća. Njihovi su preci čuvali seoske štale od pacova i drugih parazita. Da bi se stvorila minijaturna kopija tada poznatog Mittelschnauzera, ukršteno je nekoliko generacija malih predstavnika ove pasmine. Prilikom ukrštanja sa drugim rasama, kao što su afenpinčer, pudlica, pinč, špic, pojavile su se boje kao nuspojava koja nije odgovarala krajnjem cilju uzgajivača, a radi stabilizacije genskog fonda isključeni su raznobojni i beli štenci. iz programa uzgoja. Prvi minijaturni šnaucer registrovan je 1888. godine, prva izložba održana je 1899. godine.