Pekinezer je jedna od najstarijih rasa na svijetu, što potvrđuju i genetske studije. Prema naučnicima, ovi psi su stari najmanje 2000 godina. Postoji prekrasna kineska legenda, vrlo drevna, vjerovatno ništa manje stara od same rase pekinezera.
I to zvuči ovako: jednom se lav zaljubio u majmuna, ali lav je ogroman, a majmun vrlo mali. Lav se nije mogao pomiriti s ovakvim stanjem stvari i počeo je moliti Budu da ga načini malog – primjerenog veličine za majmuna. Tako se, prema legendi, pojavio pekinezer, koji ima malenu veličinu i lavlje srce.
Kroz svoju istoriju, sve do poslednjeg cara Kine, pekinezeri su bili isključivo prerogativ carske porodice. Niko, pa čak ni najviša kineska aristokratija, nije imala pravo da ima ove pse. U palati su živjeli odvojeno, u posebnim stanovima, bili su strogo čuvani, štaviše, pučanima je bilo zabranjeno čak i da gledaju ove pse.