Ярка-блакітныя вочы хаскі прыцягваюць увагу. Толькі некаторыя іншыя пароды сабак, такія як аўстралійская аўчарка і коллі, таксама могуць мець блакітныя вочы. Што тычыцца сібірскіх хаскі, то цяпер даследчыкі вызначылі, да чаго часта прыводзіць іх афарбоўка. Згодна з гэтым, існуе цесная сувязь з дубляваннем пэўнай вобласці на храмасоме 18. Геном сабак размеркаваны ў агульнай колькасці 78 храмасом, 46 у чалавека і 38 у котак.
Некалькі варыянтаў генаў, такіх як так званы фактар Мерль, які выклікае блакітныя вочы ў некаторых парод сабак, ужо былі вядомыя, але яны не гуляюць ролі ў сібірскіх хаскі. Каманда на чале з Адамам Бойка і Ааронам Сэмсам з Embark Veterinary ў Бостане, штат Масачусэтс, пастаўшчык аналізаў ДНК сабак, цяпер уключыла больш за 6,000 сабак з розным колерам вачэй у аналіз геному.
Падвоеная вобласць храмасомы блізкая да гена ALX4, які гуляе важную ролю ў развіцці вачэй у млекакормячых, паведамляюць даследчыкі ў часопісе PLOS Genetics. Аднак не ўсе хаскі з генетычным варыянтам маюць блакітныя вочы, таму іншыя раней невядомыя генетычныя або навакольныя фактары таксама павінны гуляць пэўную ролю. Часта ў жывёлы адзін вочы кары, а другі блакітны.