Даследчыкі мяркуюць, што самаедскія лайкі жывуць побач з чалавекам каля трох тысяч гадоў, прычым у амаль нязменным выглядзе, так як асяроддзе іх пражывання абмежавана, а змешванне з іншымі сабакамі было немагчыма па аб'ектыўных прычынах.
Сваю назву парода атрымала ад назвы качавых плямёнаў паўночных раёнаў Урала і Сібіры, цяпер вядомых як ненцы. Гэтыя народнасці жылі асобна ад навакольнага свету і былі самадастатковымі, «самаяднанымі» — адсюль і назва.